鑑於花蓮保有純淨無污染的自然環境，花蓮縣政府開始提倡無毒與有機農業，然而花蓮並無合格的檢驗機構，需耗時將農產品送至外縣市做檢驗，不甚便利。近來立法院初審通過「有機農業促進法草案」，期以有機農業促進方案，以促進全國農業有機化為目標，推動有機農業發展。東台灣農藥殘留與毒物檢驗中心經民意代表努力向中央爭取經費，並獲得行政院農業委員會與東華大學經費補助支持，始於民國107年2月完成設備招標與採購正式成立本中心由東華大學『何彥鵬教授』安排設置，提供花蓮縣民高品質的農藥檢驗技術服務，進一步讓民眾對食品安全有切確的認識與了解。
農產品食用安全性的維護是一種社會責任，推廣無毒與有機農業可降低化學農藥對地球環境的汙染，還可減少誤食農藥和農藥中毒的案件。有機農業是基於生態平衡與養分循環原理，不施用化學肥料或農藥，但消費者如何確認農產品是否有機或無毒(安全用藥)是需要經過專業的農藥殘留與毒物檢驗中心做檢驗，嚴格的檢驗把關方能讓消費者買得放心，食的安心，並維護國民健康。本中心由東華大學投入專業人才與資源，加上花蓮縣政府與農委會的大力支持，在食品安全上扮演重要的安全守門員。
本中心已於108年2月順利通過認證，並成為花蓮縣唯一通過認證之農藥殘留檢驗實驗室。中心將針對新鮮蔬果、乾豆、穀與茶類等提供農藥檢測的服務，以最先進的分析設備氣相層析串聯質譜儀(GC/MS/MS)及液相層析串聯質譜儀(LC/MS/MS)提供衛生福利部食品藥物管理署所公告的農藥檢驗品項之檢測服務；同時也利用氣相層析火焰光度偵測儀(GC-FPD)提供食品中殺菌劑二硫代胺基甲酸鹽類之檢驗。本中心會以專業的態度，持續追求檢驗品質的提昇，以符合國際化標準。
在管理系統上，本中心符合實驗室內部品質稽核課程(ISO/IEC 17025)的運行法則，進行有效的品質管理與稽核，具規劃、執行、查核、矯正 (PDCA)的邏輯程序來完善管理實驗室事務。在空間實務規劃上，中心也設有門禁與監視系統，具備嚴謹之安全管制。